审计意见表示与社会公众理解的差距
注册会计师根据独立审计准则进行了审计，出具了恰当的审计报告，但如有标准无保留意见的审计报告以外类型的审计报告，财务报告的使用者往往认为审计报告是错误的。如因审计范围受到严重限制而出具的拒绝表示意见的审计报告，社会公众往往会这样认为：审计范围为什么会受到限制?企业管理层都能对审计的项目进行控制，而注册会计师在获取足够的证据时遭遇到了困难，肯定是企业管理层有意隐瞒某些事实，或者故意设置某些障碍阻扰注册会计师获取足够的审计证据，既然企业管理层存在问题，就应出具否定意见的审计报告。更值得注意的是，在遇到公司的经营失败或重大违法行为时，注册会计师即使出具了恰当的审计报告，社会各界往往仍认为注册会计师未勤勉尽职，是因注册会计师的“审计失败”而导致他们利益受损，要追究注册会计师的有关责任。
内部控制制度审计下管理层舞弊的困境
现阶段审计执业界实行的是从审查企业内部控制制度着手的制度基础审计方法。根据独立审计准则，内部控制制度的建立、健全与执行有效性，是被审计单位的会计责任，企业管理层亦有责任建立良好的内部控制制度。制度基础审计的重点是对制度的各个控制环节审查，以发现控制制度中的薄弱环节并找出其根源，然后针对这些环节扩大检查范围。企业管理层是内部控制制度的设计者和执行者，那么在管理层有意制造某些内控制度的假象时，良好的内部控制假象将使注册会计师收集较少的审计证据，因此很难发现管理层舞弊。根据独立审计准则，注册会计师有责任发现和披露被审计单位的管理层的重大舞弊，若没有发现和披露管理层的重大舞弊，是注册会计师的过错，应承担过失责任。此外，在实际的工作中，对在审计中发现的管理层舞弊，注册会计师往往不是选择披露，而是提醒企业有关高层改正。而且，审计工作中实际发现的管理层重大舞弊与实际发生的管理层重大舞弊之间往往存在很大差距。所以，在公司管理层，特别是其与公司外各利益群体串通舞弊时，注册会计师往往力不从心。
公司治理结构中角色重合的困境
所有权与经营权的分离是现代公司治理的一大特征。企业的所有权属于股东，经营权则授权给管理层。在审计业务的委托代理关系中，股东委托审计机构鉴证公司管理层经营业绩，即股东是“委托人”，审计机构是“代理人”。管理层与审计机构是相互独立的，不存在任何契约、利益关系，由“代理人”监督代理人的过程可以保证其公正性。但我国现阶段很多公司的高管本身就是董事会成员，既对公司实施具体的经营管理，又名义上代表股东，主宰着公司重大决策。就使得公司高层为谋取自己的利益而损害广大投资者利益提供了空间，内部人控制现象十分严重。董事会成员与企业高管二合一，使受托进行审计的审计机构处于十分尴尬的位置，即“委托人”(董事会)委托审计机构对“委托人”(是董事会重要成员的高层管理人员)进行鉴证。审计机构在审计过程中很可能迫于“委托人”的压力而作出妥协，出具欠适当的审计报告，造成了审计失败。
抽样审计下的5%困境
最初的审计是以详细审计开始的，随着社会的发展和审计目标的改变，科学的抽样审计方法得到了广泛应用。抽样是统计学中的重要概念，与统计学界的一个重要魔数--5%有着千丝万缕的联系。根据双尾假设测试(TWO-TAILED HYPOTHESIS TEST)的统计所得出的结果，总体中有95%的值落在偏离中值为±1.96的标准差之间。许多注册会计师把可容忍的审计风险确认为5%，这是否意味着注册会计师愿意接受签发的100份审计报告中有5份以内的错误报告?假如某具有证券业资格的会计师事务所有20家证券业客户，他们的可容忍审计风险是5%，那么，从总体上来说，该所每年出具的20份审计报告中就有1份可能是错误的审计报告。在我国现阶段，一次审计失败就会对一个会计师事务所造成毁灭性的打击。如在“琼民源事件”中为“琼民源”出具审计报告的是原中华会计师事务所，在1998年5月1日证监查字［1998］36号中对中华会计师事务所的处罚是自1998年5月1日开始至1998年11月1日结束“暂停证券业务资格6个月”，并未错过年报预审。但在1998年度，中华所13家客户中就有10家客户更换到其他会计师事务所，对其所的影响可想而知。
独立性的追求与天生的非独立性的矛盾
独立是注册会计师的灵魂，注册会计师唯有保持独立性，才有可能更加客观、公正。但我国的注册会计师行业天生就是非独立的。二十世纪80年代恢复注册会计师制度后，大部分会计师事务所由政府部门创办并接受政府部门的管理。各挂靠单位如财政部门、税务部门、行业主管部门等通常会利用手中的权力指定企业到所属的会计师事务所接受审计，同时，注册会计师在作出审计判断、出具审计报告时，也会受到主管部门意愿的左右，审计的独立性受到破坏。
法律法规的尴尬
独立审计准则的法律地位极为尴尬。注册会计师的执业准则是由中注协负责拟订，报财政部批准后实施，中注协负责对独立审计准则进行解释，那么独立审计准则是法规还是规章?有人认为《独立审计准则》是民间制定的文本，在法律上没有引为标准的效力。另外，1998年1月，财政部颁布的《违反注册会计师法处罚暂行办法》规定：注册会计师和会计师事务所在执业中违反注册会计师行业管理的法律、法规和规章应予行政处罚的，适用本办法。行业协会制定的行业管理方面的文件，是否能归结于法律、法规和规章?同时，我国企业会计由财政部管理，会计师事务所由中注协管理，上市公司则由证监会监管。财政部颁布会计准则，中注协拟订注册会计师执业准则，证监会制定上市公司信息披露的有关规则，有时并不十分和谐统一，这也给注册会计师执业带来了一定困难。
知识的频繁更新与会计师事务所的人员结构的两极分化
目前，我国的会计师事务所一般都实行三级复核。严格的三级复核将有效地减少审计失败的概率。一般而言，第三级复核者是会计师事务所的高层主管，一般由会计师事务所的主任会计师承担。在审计工作底稿的重大问题的把握上，第三级复核者起着关键的作用。因此，严格的三级复核要求会计师事务所的高层主管有丰富全面的知识和良好的经验判断能力。我国早期的注册会计师是通过考核取得的资格，年龄普遍偏大。现在占据会计师事务所高层主管的大多也是早期考核制下获得注册会计师资格的人员。但我国近年来证券市场得到了迅猛发展，各种法规制度不断颁布和修改，知识更新非常频繁。年龄老化的会计师事务所高管是否能跟上知识更新的步伐?而考试制度下获得注册会计师资格的专业人员，大多年轻，学习能力强，但经验不足，资历太浅，又恐难当重任。许多会计师事务所的第三级复核形同虚设，完全是走走形式而已，并不能发挥真正的作用，与此不无关系。
信息的不对称与要求关注表外信息的矛盾
根据《独立审计准则第8号——违反法规行为》等，注册会计师应充分关注对会计报表有重大影响的表外信息。但在实践中，公司提供给注册会计师的主要是与会计报表有关的账簿、记账凭证、法规依据与合同等，表外的一些信息很难收集到。注册会计师怀疑企业某一方面而试图从企业内部获得某方面的表外信息证据时，也往往会被企业以商业秘密之类的借口回绝。对企业的经营状况，企业管理层处于完全知情的一方，而注册会计师不但不知情，也没有完备、可靠的手段获得有关情况，因此，企业管理层很容易隐瞒企业表外的诸多事实。
经营失败与审计失败的矛盾
企业因经营不善或外部条件的变化而破产，导致了经营失败。在经营失败的民事赔偿中，利益受损方并不仅仅关注企业的破产财产，常常要求与破产企业有关的其他有偿还能力的单位进行民事赔偿，受损方只希望得到补偿，而不管错在哪一方，以致注册会计师往往是索赔的对象之一。在美国的诉讼案例中，企业经营失败而导致注册会计师涉入民事赔偿的案件屡见不鲜。注册会计师也常常以非审计失败下的经营失败为由进行抗辩，但屡屡败诉。这样，注册会计师很有可能因经营失败而涉及民事赔偿，而不管是否存在审计失败。
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